Tại điều 39 đến điều 46 Chương VI của Pháp lệnh Cán bộ, Công chức năm 2003 quy định kỷ luật và xử lý vi phạm như sau:
Điều 39
1. Cán bộ, công chức quy định tại các điểm b, c, d, đ, e và h khoản 1 Điều 1 của Pháp lệnh này vi phạm các quy định của pháp luật, nếu chưa đến mức bị truy cứu trách nhiệm hình sự, thì tuỳ theo tính chất, mức độ vi phạm phải chịu một trong những hình thức kỷ luật sau đây:
a) Khiển trách;
b) Cảnh cáo;
c) Hạ bậc lương;
d) Hạ ngạch;
đ) Cách chức;
e) Buộc thôi việc.
Việc xử lý kỷ luật thuộc thẩm quyền của cơ quan, tổ chức, đơn vị quản lý cán bộ, công chức.
2. Việc bãi nhiệm, kỷ luật đối với cán bộ quy định tại điểm a và điểm g khoản 1 Điều 1 của Pháp lệnh này được thực hiện theo quy định của pháp luật và điều lệ của tổ chức chính trị, tổ chức chính trị – xã hội.
3. Cán bộ, công chức vi phạm pháp luật mà có dấu hiệu của tội phạm thì bị truy cứu trách nhiệm hình sự theo quy định của pháp luật.
4. Cán bộ, công chức làm mất mát, hư hỏng trang bị, thiết bị hoặc có hành vi khác gây thiệt hại tài sản của Nhà nước thì phải bồi thường theo quy định của pháp luật.
5. Cán bộ, công chức có hành vi vi phạm pháp luật trong khi thi hành nhiệm vụ, công vụ gây thiệt hại cho người khác thì phải hoàn trả cho cơ quan, tổ chức khoản tiền mà cơ quan, tổ chức đã bồi thường cho người bị thiệt hại theo quy định của pháp luật.
Điều 40
Việc kỷ luật đối với cán bộ, công chức phải được Hội đồng kỷ luật của cơ quan, tổ chức sử dụng cán bộ, công chức xem xét và đề nghị cơ quan, tổ chức có thẩm quyền quyết định.
Thành phần và quy chế hoạt động của Hội đồng kỷ luật do Chính phủ, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị – xã hội quy định.
Điều 41
Trong thời gian đang bị xem xét kỷ luật, cán bộ, công chức có thể bị cơ quan, tổ chức có thẩm quyền quản lý ra quyết định tạm đình chỉ công tác nếu xét thấy cán bộ, công chức đó tiếp tục làm việc có thể gây khó khăn cho việc xác minh hoặc tiếp tục có hành vi vi phạm. Thời hạn tạm đình chỉ không quá mười lăm ngày, trường hợp đặc biệt có thể kéo dài nhưng không được quá ba tháng; hết thời hạn tạm đình chỉ công tác, nếu không bị xử lý thì cán bộ, công chức được tiếp tục làm việc. Cán bộ, công chức trong thời gian bị tạm đình chỉ công tác được hưởng lương theo quy định của Chính phủ.
Cán bộ, công chức không có lỗi thì sau khi tạm đình chỉ công tác được bố trí về vị trí công tác cũ; trường hợp cán bộ, công chức bị xử lý kỷ luật bằng các hình thức khiển trách, cảnh cáo, hạ bậc lương, hạ ngạch thì tuỳ theo tính chất, mức độ vi phạm có thể được bố trí về vị trí công tác cũ hoặc chuyển làm công tác khác. Cán bộ, công chức bị kỷ luật bằng hình thức cách chức được bố trí làm công tác khác.
Điều 42
Cán bộ, công chức quy định tại các điểm b, c, d, đ, e và h khoản 1 Điều 1 của Pháp lệnh này khi bị kỷ luật có quyền khiếu nại về quyết định kỷ luật đối với mình đến cơ quan, tổ chức, đơn vị có thẩm quyền theo quy định của pháp luật
Cán bộ, công chức quy định tại các điểm b, c, d, đ, e và h khoản 1 Điều 1 của Pháp lệnh này giữ chức vụ từ Vụ trưởng và tương đương trở xuống bị buộc thôi việc có quyền khởi kiện vụ án hành chính tại Toà án theo quy định của pháp luật.
Điều 43
Cán bộ, công chức quy định tại các điểm b, c, d, đ, e và h khoản 1 Điều 1 của Pháp lệnh này bị kỷ luật bằng hình thức khiển trách, cảnh cáo, cách chức thì bị kéo dài thời gian nâng bậc lương thêm một năm; trong trường hợp bị kỷ luật bằng một trong các hình thức từ khiển trách đến cách chức thì không được bổ nhiệm vào các chức vụ cao hơn trong thời hạn ít nhất một năm, kể từ khi cú quyết định kỷ luật. Trong trường hợp cán bộ, công chức bị kỷ luật vì có hành vi tham nhũng, thì việc xử lý kỷ luật được thực hiện theo quy định tại Pháp lệnh chống tham nhũng và các quy định khác của pháp luật, điều lệ của tổ chức chính trị, tổ chức chính trị – xã hội.
Điều 44
Cán bộ, công chức phạm tội bị Toà án phạt tù mà không được hưởng án treo thì đương nhiên bị buộc thôi việc, kể từ ngày bản án, quyết định có hiệu lực pháp luật.
Điều 45
Cán bộ, công chức bị xử lý kỷ luật hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự mà đã được cơ quan, tổ chức có thẩm quyền kết luận là oan, sai thì được phục hồi danh dự, quyền lợi và được bồi thường thiệt hại theo quy định của pháp luật.
Điều 46
Các quyết định về khen thưởng và kỷ luật được lưu vào hồ sơ của cán bộ, công chức.