Nguyên nhân tồn tại của tôn giáo trong chủ nghĩa xã hội trình bày qua 5 nguyên nhân: Nguyên nhân nhận thức, Nguyên nhân kinh tế, Nguyên nhân tâm lý, Nguyên nhân chính trị-xã hội, Nguyên nhân văn hoá.
a) Nguyên nhân nhận thức.
Trong quá trình xây dựng chủ nghĩa xã hội nhiều hiện tượng tự nhiên, xã hội và của con người mà khoa học chưa thể lý giải được. Do đó trước những sức mạnh tự phát của giới tự nhiên và xã hội mà con người vẫn chưa thể nhận thức và chế ngự được đã khiến một bộ phận nhân dân đi tìm sự an ủi, che chở và lý giải từ sức mạnh của đấng siêu nhiên.
b) Nguyên nhân kinh tế.
Trong quá trình xây dựng chủ nghĩa xã hội, với sự tồn tại của nền kinh tế nhiều thành phần với những lợi ích khác nhau của các giai cấp, tầng lớp xã hội, với những sự bất bình đẳng nhất định về kinh tế, chính trị, văn hoá, xã hội đã mang đến cho con người những yếu tố ngẫu nhiên, may rủi, làm cho con người dễ trở nên thụ động với tư tưởng nhờ cậy, cầu mong vào những lực lượng siêu nhiên.
c) Nguyên nhân tâm lý.
Tôn giáo là một trong những hình thái ý thức xã hội bảo thủ nhất, đã in sâu vào đời sống tinh thần, ảnh hưởng khá sâu đậm đến nếp nghĩ, lối sống của một bộ phận nhân dân qua nhiều thế hệ. Vì vậy, dù có thể có những biến đổi lớn lao về kinh tế, chính trị, xã hội thì tôn giáo cũng không thay đổi ngay theo tiến độ của những biến đổi kinh tế-xã hội mà nó phản ánh.
d) Nguyên nhân chính trị-xã hội.
Tôn giáo có những điểm còn phù hợp với chủ nghĩa xã hội, với đường lối, chính sách của Nhà nước xã hội chủ nghĩa. Giá trị đạo đức, văn hoá của tôn giáo đáp ứng được nhu cầu của một bộ phận nhân dân. Chính vì vậy, trong một chừng mực nhất định, tôn giáo vẫn có sức thu hút mạnh mẽ đối với một bộ phận quần chúng.
đ) Nguyên nhân văn hoá.
Trong thực tế, sinh hoạt tôn giáo đã đáp ứng được phần nào nhu cầu văn hoá tinh thần của cộng đồng xã hội và trong một mức độ nhất định, có ý nghĩa giáo dục ý thức cộng đồng, phong cách, lối sống của cá nhân trong cộng đồng. Vì vậy, sinh hoạt tôn giáo đã lôi cuốn một bộ phận nhân dân xuất phát từ nhu cầu văn hoá tinh thần, tình cảm của họ.
Từ những nguyên nhân trên đã dẫn đến sự tồn tại của tôn giáo trong quá trình xây dựng chủ nghĩa xã hội. Song cũng cần nhận thức được rằng tôn giáo cũng có những biến đổi cùng với sự biến đổi của những điều kiện kinh tế-xã hội của quá trình cải tạo và xây dựng xã hội mới.