Nguyên tắc tổ chức và hoạt động bộ máy Nhà nước là những tư tưởng chỉ đạo làm cơ sở cho việc tổ chức và hoạt động của các cơ quan trong bộ máy Nhà nước. Những nguyên tắc đó được quy định trong Hiến pháp năm 1992, đó là:
– Nguyên tắc “quyền lực Nhà nước là thống nhất có sự phân công và phối hợp giữa các cơ quan Nhà nước trong việc thực hiện các quyền lập pháp, hành pháp, tư pháp”. Điều 2: Đây là đặc điểm cơ bản của bộ máy Nhà nước Việt Nam được tổ chức theo nguyên tắc tập quyền, khác với nguyên tắc phân quyền trong các Nhà nước tư sản. Quyền lực Nhà nước bao gồm: Quyền lập pháp, quyền hành pháp, quyền tư pháp. Ba lĩnh vực quyền lực đó là một khối thống nhất được nhân dân trao cho Quốc hội là cơ quan đại biểu cao nhất, do nhân dân trực tiếp bầu ra. Tuy nhiên ba quyền lập pháp, hành pháp, tư pháp có sự phân công rõ ràng và sự phối hợp chặt chẽ giữa các cơ quan Nhà nước trong việc thực hiện quyền lực Nhà nước.
– Nguyên tắc đảm bảo sự lãnh đạo của Đảng cộng sản Việt Nam đối với việc tổ chức và hoạt động của bộ máy Nhà nước. Sự lãnh đạo của Đảng là nguyên tắc cơ bản trong tổ chức và hoạt động của Nhà nước ta. Sự lãnh đạo của Đảng đảm bảo cho bộ máy của Nhà nước hoạt động theo một đường lối chính trị đúng đắn, thể hiện bản chất cách mạng và khoa học của chủ nghĩa Mác – LêNin và tư tưởng Hồ Chí Minh, giữ vững bản chất tốt đẹp của một Nhà nước của dân, do dân và vì nhân dân. Trong Hiến pháp năm 1992 đã khẳng định: “ Đảng cộng sản Việt Nam, đội tiên phong của giai cấp công nhân Việt Nam, đại biểu trung thành quyền lợi của giai cấp công nhân, nhân dân lao động và của cả dân tộc, theo chủ nghĩa Mác – LêNin và tư tưởng Hồ Chí Minh, là lực lượng lãnh đạo Nhà nước và xã hội” (điều 4). Sự lãnh đạo của Đảng đối với Nhà nước thể hiện ở chỗ Đảng đặt ra đường lối, chính sách, chủ trương, thông qua đó Nhà nước thể chế hoá các đường lối, chính sách của Đảng vào việc tổ chức và hoạt động của mình. Tuy nhiên Đảng lãnh đạo Nhà nước song Đảng phải hoạt động trong khuôn khổ của Hiến pháp và pháp luật của Nhà nước.
– Nguyên tắc đảm bảo sự tham gia của nhân dân vào hoạt động quản lý của Nhà nước. Việc thu hút đông đảo nhân dân tham gia vào hoạt động của bộ máy Nhà nước là nguyên tắc quan trọng trong tổ chức và hoạt động của bộ máy Nhà nước. Nguyên tắc này không những có ý nghĩa trong việc tạo điều kiện phát huy trí tuệ của nhân dân vào công việc quản lý Nhà nước mà còn là phương tiện hữu hiệu để ngăn chặn tệ quan liêu, cửa quyền, tham nhũng của cá nhân và tổ chức trong bộ máy Nhà nước. Nhân dân tham gia vào quản lý Nhà nước thông qua các tổ chức chính trị – xã hội của mình như: Mặt trận tổ quốc, tổ chức công đoàn, hội phụ nữ…Nguyên tắc bảo đảm sự tham gia của nhân dân vào hoạt động quản lý Nhà nước được quy định trong điều 53 của Hiến pháp năm 1992: “ Công dân có quyền tham gia quản lý Nhà nước và xã hội, tham gia thảo luận các vấn đề chung của cả nước và địa phương, kiến nghị với cơ quan Nhà nước, biểu quyết khi Nhà nước tổ chức trưng cầu ý dân ”.
– Nguyên tắc tập trung dân chủ – kết hợp đúng đắn tập trung và dân chủ là yếu tố quyết định sức mạnh tổ chức và hiệu lực quản lý của bộ máy Nhà nước ta. Thực hiện quyết định này trong tổ chức và hoạt động của bộ máy Nhà nước có nghĩa là kết hợp sự chỉ đạo, điều hành tập trung thống nhất của Trung ương và cơ quan Nhà nước cấp trên với sự tự chủ năng động, sáng tạo của địa phương và cơ quan Nhà nước cấp dưới. Cơ quan Nhà nước ở Trung ương quyết định những vấn đề cơ bản, quan trọng của cả nước, cơ quan Nhà nước ở địa phương tự quyết định và chịu trách nhiệm về những vấn đề cụ thể ở địa phương.
– Nguyên tắc tập trung dân chủ còn được thể hiện trong cơ cấu tổ chức và cơ chế hoạt động của mỗi cấp trong bộ máy Nhà nước cũng như trong việc kết hợp hoạt động của tập thể với trách nhiệm của cá nhân. Nguyên tắc này được quy định trong điều 6 Hiến pháp năm 1992: “Quốc hội, hội đồng nhân dân và các cơ quan khác của Nhà nước đều tổ chức và hoạt động theo nguyên tắc tập trung dân chủ”.
– Nguyên tắc pháp chế XHCN: Đây là nguyên tắc đòi hỏi việc tổ chức và hoạt động của các cơ quan trong bộ máy Nhà nước phải tiến hành theo đúng quy định của pháp luật. Thực hiện tốt nguyên tắc pháp chế XHCN có ý nghĩa quan trọng trong việc đảm bảo cho sự hoạt động bình thường của bộ máy Nhà nước, đảm bảo công bằng xã hội. Nguyên tắc pháp chế XHCN được quy định trong điều 12 Hiến pháp năm 1992: “Nhà nước quản lý xã hội bằng pháp luật, không ngừng tăng cường pháp chế XHCN”.