Theo Điều 13 Luật thuế giá trị gia tăng, Điều 10 Nghị định 123/2008/NĐ-CP và khoản 16, Điều 1 Nghị định số 121/2011/NĐ-CP của Chính phủ về việc sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 123/2008/NĐ-CP, các trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng được quy định như sau:
– Cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế giá trị gia tăng nếu trong ba tháng liên tục trở lên có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết.
– Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm. Trường hợp, số thuế giá trị gia tăng lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.
– Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư cơ sở sản xuất mới thành lập tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này.
– Cơ sở kinh doanh trong tháng có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng.
– Cơ sở kinh doanh quyết toán thuế khi chia, tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết hoặc có số thuế giá trị gia tăng nộp thừa.
– Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với các chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại hoặc viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo:
+ Đối với dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại: chủ chương trình, dự án hoặc nhà thầu chính, tổ chức do phía nhà tài trợ nước ngoài chỉ định việc quản lý chương trình, dự án được hoàn lại số thuế giá trị gia tăng đã trả đối với hàng hóa, dịch vụ mua ở Việt Nam để sử dụng cho chương trình, dự án.
+ Tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ nhân đạo của tổ chức, cá nhân nước ngoài để mua hàng hóa, dịch vụ phục vụ cho chương trình, dự án viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo tại Việt Nam thì được hoàn thuế giá trị gia tăng đã trả của hàng hóa, dịch vụ đó.
– Đối tượng được hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao theo quy định của Pháp lệnh về Ưu đãi miễn trừ ngoại giao mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam để sử dụng được hoàn thuế giá trị gia tăng đã trả ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng hoặc trên chứng từ thanh toán ghi giá thanh toán đã có thuế giá trị gia tăng
– Cơ sở kinh doanh có quyết định xử lý hoàn thuế của cơ quan có thẩm theo quy định của pháp luật.