Các cơ quan hành chính Nhà nước có thể được phân loại theo nhiều cách khác nhau.
– Theo cơ sở pháp lý của việc thành lập:
+ Các cơ quan hành chính thực được thành lập do hiến pháp quy định (còn gọi là cơ quan hiến định) như: Chính phủ, uỷ ban nhân dân các cấp ở địa phương.
+ Các cơ quan hành chính Nhà nước được thành lập trên cơ sở các đạo luật, các văn bản dưới luật như: các bộ, cơ quan ngang bộ quản lý một ngành hoặc một lĩnh vực nào đó trong phạm vi cả nước. Các cơ quan tổng cục, cục, vụ, sở ban ngành.
– Căn cứ vào địa giới hoạt động:
+ Có các cơ quan hành chính Nhà nước trung ương như: Chính phủ, bộ, cơ quan ngang bộ hoạt động quản lý trong phạm vi cả nước.
+ Cơ quan hành chính Nhà nước địa phương có uỷ ban nhân dân các cấp, sở ban ngành trực thuộc uỷ ban nhân dân, hoạt động quản lý trong lãnh thổ của địa phương đó.
– Căn cứ theo phạm vi thẩm quyền. Đối với các cơ quan hành chính Nhà nước có thẩm quyền chung và cơ quan có thẩm quyền riêng:
+ Cơ quan có thẩm quyền chung có uỷ ban nhân dân các cấp, có thẩm quyền giải quyết mọi vấn đề thuộc các lĩnh vực trong địa phương đó.
+ Cơ quan có thẩm quyền riêng (thẩm quyền chuyên môn) gồm có các bộ, ngang bộ quản lý theo ngành, theo chức năng trong một lĩnh vực trong phạm vi toàn quốc.
– Căn cứ theo chế độ lãnh đạo:
+ Cơ quan hành chính theo chế độ lãnh đạo tập thể như uỷ ban nhân dân các cấp, cơ quan có thẩm quyền chung.
+ Cơ quan hành chính Nhà nước theo chế độ lãnh đạo một thủ trưởng bao gồm các cơ quan chuyên môn như sở, ban ngành…