Các nguyên tắc cơ bản của chủ nghĩa Mác-Lênin trong việc giải quyết vấn đề tôn giáo được trình bày cụ thể qua 5 ý như sau:
a) Khắc phục dần ảnh hưởng tiêu cực của tôn giáo trong đời sống xã hội gắn liền với công cuộc cải tạo xã hội cũ và xây dựng xã hội mới.
b) Tôn trọng, đảm bảo quyền tự do tín ngưỡng và không tín ngưỡng của công dân. Mọi công dân theo tôn giáo hoặc không theo tôn giáo đều bình đẳng trước pháp luật, đều có nghĩa vụ và quyền lợi như nhau.
c) Thực hiện đoàn kết giữa những người theo với những người không theo một tôn giáo nào, đoàn kết các tôn giáo hợp pháp, chân chính, đoàn kết toàn dân tộc xây dựng và bảo vệ Tổ quốc. Nghiêm cấm mọi hành vi chia rẽ vì lý do tín ngưỡng, tôn giáo.
d) Cần phân biệt rõ hai mặt chính trị và tư tưởng trong việc giải quyết vấn đề tôn giáo.Đây là việc cần thiết, bởi bản thân tôn giáo nào cũng gồm hai mặt này và phân biệt để tránh hai khuynh hướng hữu khuynh hoặc tả khuynh trong giải quyết vấn đề tôn giáo.
đ) Phải có quan điểm lịch sử-cụ thể khi giải quyết vấn đề tôn giáo.Ở những thời kỳ lịch sử khác nhau, vai trò, tác động của từng tôn giáo đối với đời sống xã hội không giống nhau. Vì vậy, cần có quan điểm lịch sử cụ thể khi xem xét, đánh giá và ứng xử đối với những vấn đề có liên quan đến tôn giáo.